Wednesday, December 21, 2011

Surface Chemistry

Phase : Homogeneous in chemical composition and physical properties.

The place where two kinds of substances meet is called inter facial layer/surface layer/ interface layer.
This is about 10 - 100 Å thick( 3 dimensional). But here we assume it as a 2D layer.

In the above image alpha and beta are two kinds of liquids.
Interactions at the interface differs from that of interactions in substance alpha or beta. Here interactions between alpha and beta molecules is also present where as in alpha only  alpha molecules interact with each other and in beta only beta molecules interact with each other.
Therefor interface have a different average molecular energy than that of the separate substances.
Because of this if you change the area of the interface the internal energy of the system changes.

* To increase the area of the interface work must be done on the system.
dw = - PdV + ɣdA 
dw : Reversible work done on the system
-PdV : Work on the system to increase volume
ɣdA : Additional work
ɣ : Surface tension
dA : Increment in the area of the interface
                         Force on the piston =  P lxlz - ɣlx
ɣlx : force from surface tension
lx : length of the interface on the piston
                   Pressure on the piston  =  (P lxlz - ɣlx) / lxlz
                                                       = P - (ɣ/lz)
* Surface tension is temperature dependent. 
Guggenheim - Katayama equation :

ɣ0 : Constant for each liquid 
T : Temperature in Kelvin
Tc : Critical Temperature
n : Empirical factor; 11/9 for organic liquids

Critical Temperature is the highest temperature at which liquid-vapour equilibrium can be observed.
When a 3rd substance is dissolved in the system the ɣ value changes.

Sunday, December 18, 2011

Mid semester break

Since we got 2 weeks off for Christmas, I thought of dragging out my Benz from the garage and give it some improvements.

This is so far what I've done. Today gave it some materials, made the front number plate and fog lights.

 That's a print screen of the final outcome.
Still got to make
- Roof
- Separate Doors
- Do something about the chassis
- Add details/materials  to tires
- The steel outline of the roof
- Add wipers and air ventilators 
- Extend the front dents 
- Make better materials

Ahh this will take a lot of time to be completed sigh!


Saturday, December 3, 2011

Malaysian Tour

So I was lucky to have my first flight in a plane ( of course I've flown few other times, from cupboard doors and stairs but not in a real plane). More lucky it was with university rowing crew for Varsity Boat Race on a Sri Lankan Airlines plane :D

That is the view from the plane window before landing at Malaysia.

It was quite an experience, the whole tour. The race was in Malaysia, which meant we could do some nice shopping as well.

But well be it Malaysia, Sri Lanka or United States even, rowing is rowing. So we didn't get much time to shop or travel. Belive it or not we didnt get a chance to go to the world famous Petronas Twin Towers!!

That is a picture of Petronas Twin Towers from far far away at night.

We were staying on the 17th floor of Grand Seasons Hotel in Kuala Lampur, which was a very nice hotel and said to be the tallest hotel in Malaysia. First day we went on KL Monorail to Bukit Bintang the nearest city with all those shopping malls, just to see whats it like, right before the dinner.

Front of Grand Seasons Hotel

Monorail is a small train with a length of two compartment that travels on one rail. They have monorail system in Kuala Lampur. They issue one way tickets which are electronically marked. When you insert the ticket to get to the platform , rotating door in front can be moved and you get the ticket back. But when you go out of the platform the machine keeps the ticket. So basically tickets are reusable.

KL Monorail

A Ticket of KL Monorail

So we were in Malaysia but the the race was at Putrajaya Water Complex, which was more than an hour away. So UTM the university which was organizing the event had to supply all the universities staying at the hotel with buses. Journey to the complex was always tiring and everyone was asleep, journey back was more lively and fun.

Malaysia has highways so even though the time was less the distance travelled was more than that of Sri Lanka ( of course now we have a highway too!) And believe it or not , scenery wise Malaysia has got more beautiful buildings than Sri Lanka. But when you take trees and vegetation I must say I SIMPLY LOVE the few bunch of trees in Colombo rather than acres of trees by the highways from KL to Putrajaya. The diversity in Sri Lanka is so huge you can enjoy looking out of the bus windows in Sri Lanka when you are bored. But if you do that in Malaysia you will get bored to absolute death because for miles and miles they have the same kind of tree and then another kind of tree and that goes for miles and miles. 

Putrajaya is a completely planned city. The water complex is based in the Putrajaya Lake. 

That is the complex from the farther side

You can keep walking/ running an get to the exact opposite side( where the photo was taken from)

From all the races we got through to finals in women's double scull, Men's double scull, and eight as far as I remember. I only rowed in the women's eight which we came 4th in the first round which got us through to repechage  but we only came 3rd so unfortunately we couldn't get into finals.

But hey! Officially we are the first Sri Lankan women's team to row in an eight, because we don't have eights races in Sri Lanka as Beira Lake course which is the mostly used one, is only 1 km long.

Proudly present you the first Sri Lankan women's eight 

Men's eight 

Anyway at the end of the competition we managed to get Bronze medals for women's indoor rowing relay. 

The whole team at the photo shoot

Below are some of nice pics from the tour.

View from the 17th floor, our room

view of the roof top swimming pool of the hotel from another room.

Took this at Bukit Bingtang Plaza. It was Deepawali day.

Plenty of cloths shops there. But all I bought from Malaysia are slippers!!

A bridge over the Putrajaya Lake

Some awesomely beautiful buildings in Malaysia

Chocolate! And sweets!!

Super cool Malaysian boats in racks

Traditional Malaysian Dragon Boats

Saturday, October 15, 2011

ප්‍රයිවට් මෙඩිකල් කොලේජස් හෙවත් PMC කේස් එක

මට මේ මාතෘකාව ගැන ලියන්න හිතුනේ ටික කාලෙකට කලින් මගේ යාලුවෙක්ගෙ මූණු පොතේ පොස්ට් එකක මං නොදන්නා පුද්ගලයෙක් එක්ක ඇතිවුන අර්ගියුමන්ට් එකක් නිසා.

ඒ වුනාට කලින් දවස් ටිකේ එක්සැම් ඊට පස්සේ රොවින්ග් නැෂනල්ස් වලට පුහුණුවීම් තිබ්බ නිසා ලොකු වෙලාවක් හම්බුනේ නෑ ලියන්න. ඒත් ඒක ගැනම තිබ්බ තවත් ලිපියක් දැකල මට ඇත්තටම පොස්ට් එකක් ලියන්න හිතුන පහු වෙලා හරි .

මං දකින විදියට නම් මේ PMC ප්‍රශ්නේ ප්‍රධාන ආකාර දෙකක් තියෙනවා.

1) පිටරට PMC
2) ලංකාවේ PMC

පලවෙනි කේස් එක ගත්තම පිටරට PMC වලින් ඉගෙනගෙන ලංකාවේ වෛද්‍ය වෘත්තියේ නියැලෙන්න ඕනේ නම් ඇක්ට් 16 යේ විභාගේ පාස් කරන්න ඕනේ. ගොඩක් දෙනාගේ මතය මේ විභාගේ අසාධාරණ විදියට අමාරු බව/ වැඩි දෙනෙක් පාස් නොකරන බව. මම නම් මේ ගැන වැඩිය දන්නේ නෑ. මොකද මං ඒ පේපර් එකක් වත් දැකල නෑ.
හැබැයි ඔය ලින්කුවේ තියෙන විදියට ඒක තරඟ විභාගයක් නෙවෙයි.
ලංකාවේ PMC වලට තමා දැන් ලොකුම සද්දේ තියෙන්නේ. එකෙත් කොටස් කීපයක් තියෙනවා.

1) ලංකාවට PMC එපා !!!!
2) ලංකාවේ PMC තිබ්බට කමක් නෑ. හැබැයි ලංකාවේදී මෙඩිසින් ප්‍රැක්ටිස් කරන්න ඒගොල්ලොත් ඇක්ට් 16 විබාගෙට ලියල පාස් වෙන්න ඕනේ
3) ලංකාවේ PMC තිබ්බට කමක් නෑ. හැබැයි රජයේ විශ්ව විද්‍යාල වගේම කොලිටියට වැඩ තියෙන්න ඕනේ
4) අෆිට කොලිටි වැඩක් නෑ. අෆිට ඕනේ PMC

මේකෙන් පලවෙනි කොට්ඨාශයට වැටෙන්නේ, ඒ කියන්නේ තත්ත්වය කෙසේ වෙතත් PMC එපා කියන්නේ , ගොඩක් වෙලාවට රජයේ විශ්ව විද්‍යාල වල

මෙඩිසින් හදාරන අය, නැත්තන් එහෙම ඉගෙනගෙන වෛද්‍ය වෘත්තියේ නියැලෙන අය, නැත්තන් ඒ දෙකටම අයිති නැති මේ අදහසට සපෝර්ට් කරන වෙනත් අය.

කොන්දේසි විරහිතව ලෝකල් PMC එපා කියන අය PMC ලංකාවට හොඳ නැති වීමට හේතු විදියට කියන්නේ PMC ඇති කලොත් දැනට තියෙන නිදහස් අධ්‍යාපනය අභාවයට ගිහින් අන්තිමට නැති වෙලාම යනවා කියල.

PMC වලට මුදලක් අය කරන නිසා ඒවගේ උගන්නන ලෙක්චරර්ස්ලට වැඩි පඩියක් ලැබෙනවා, ඒක නිසා ලේක්චරර්ස්ලා රජයේ විශ්ව විද්‍යාල වලට වඩා PMC වල උගන්නන්න වැඩි කැමැත්තක් දක්වන්න පුළුවන්.

මේකට නම් මට කියන්න තියෙන්නේ ලංකාවේ පුද්ගලික පාසල් වල ගුරුවරුන්ට සාමාන්‍යයෙන් වැඩි වැටුපක් ලැබෙනවා. පුද්ගලික පාසල් ඇති කළා කියල තාම නම් පාසල් මට්ටමෙන් නිදහස් අධ්‍යාපනය කඩාවැටිලා නෑ. අනික ටියුෂන් පන්ති වල උගන්නන ගුරුවරු සාමාන්‍යයෙන් රජයේ පාසලක දෙන වැටුප වගේ කීප ගුණයක් උපයනවා. හැබැයි එහෙම වුනා කියල තාම නිදහස් අධ්‍යාපනය කඩා වැටිලා නෑ.

හෆ්ෆා පොස්ට් එක ලියන්න පටන් අරන් දැන් වෙනකොටත් දෙවනියට තිබ්බ ලින්ක් එකේ නෝට් එක අයින් කරලා. :-/ මට දැන් ඒකෙ තිබ්බේ මොනවද කියලවත් මතක නෑ.

ප්‍රශ්නේ තියෙන්නේ " මෙහෙම කලොත් මෙහෙම වෙන්න පුළුවන්" විදියේ සිද්ද වෙන්නත් පුළුවන් නොවෙන්නත් පුළුවන් දෙයක් මත තවත් ළමයි ටිකකට ඉගෙනගන්න ( පිටරට යනවට වඩා අඩු මුලකට ) තියෙන අවස්තාව නැති කරන එක හරිද කියල.

සමහරු කියන තවත් කතාවක් තමා වැඩිදුර අධ්‍යාපනය ලබාගන්න පිටරට යන්නේ වැඩියෙන් සල්ලි තියෙන නාගරික පෝසත් අය, ලංකාවේ ඉගෙනගන්නේ දුගී දුප්පත් ගමෙන් ආව කට්ටිය කියන එක. ඒක නිසා ලංකාව ඇතුලේ PMC හදන එකෙන් වාසි වෙන්නේ පෝසත් උදවියට විතරලු. අනේ මන්දා මම නම් පවුද්ගලිකවත් දන්නවා ගෙවල් දොරවල් උකස් කරලා, විකුණලා ඉගෙනගන්න පිටරට යන මිනිස්සු. එහෙම නත්තන්ග් හැම තැනටම ලියුම් ලියල හොයල හොයල බාගෙට හරි ශිෂ්‍යත්ව හොයන් රට යන අය. හිතන්නේ නැද්ද ලංකාවේ PMC තිබ්බොත් ඒගොල්ලොන්ට යම් කිසි සහනයක් ලැබෙනවා කියල ?

මමත් පිලිගන්නවා ලංකාවේ PMC ඇති කරනවානම් ඒවගේ තත්ත්වය උසස් විදියට තියාගන්න ඕනේ. මොකද ප්‍රටිවට් ඉන්ස්ටිටියුට්ස් වලින් මාසෙන් දෙකෙන් සොෆ්ට්වෙයාර් ඉංජිනේරුවෝ නිකුත් කලාට මෙඩිසින් වල ඒවගේ දෙයක් වෙන ඒක භයානකයි. මිනිස්සුන්ගේ ජිවිතත් එක්ක ලඟින්ම වැඩ කරන කට්ටියක් නේ දොස්තරලා.

ඒක හින්දා මම නම් කැමති මේ 3 න් වෙනි ඔප්ෂන් එකට.
එකෙන් වෙන තවත් හොඳක් තමා, තුන් සැරයක්ම උසස් පෙළ කරලා හොඳ z ලකුණක් ගන්න බැරුව, මෙඩිසින් හම්බෙන්නේ නැති නිසා එන ඕනේ එකකට යනවා කියල ජෛවීය විද්‍යාව කරන්න විද්‍යා පීඨයට එන ප්‍රමාණෙ අඩු වෙන එක. නැත්තං අපේ ෆැකල්ටියෙත් ඉන්නවා යුද්දේ පටන් ගන්න කලින් පැරදිච්ච කට්ටිය.මැරිච්ච මිනිස්සු වගේ කැම්පස් එන කොටසක් අයින් වෙලා සයන්ස් කරන්න ආසාවෙන් ඉන්න තවත් කොටසකට ඉඩ ලැබෙනවා. මම නම් හිතන්නේ නෑ රජයට හැකියාවක් නෑ කියල ලංකාවේ තියෙන PMC වල තත්ත්වය පාලනය කරන්න.

මේ ප්‍රශ්නේ දුක්ඛ දායකම දේ තමා PMC වලට හේතු විරහිතව වැඩියෙන්ම විරුද්ධ වෙලා කතා කරන්නේ රජයේ විශ්ව විද්‍යාල වල මෙඩිසින් හදාරන අය. මට පේන විදියට නම් මේ මොන හේතුව කියල ඒගොල්ලෝ PMC වලට විරුද්ධව කතා කලත් ඒගොල්ලොන්ගේ හිතේ තියෙන්නේ " අපි කට්ට කාල කාල ඒ ලෙවල් පාස් වෙලා, ඊට පස්සේ කට්ට කාල කාල විශ්ව විද්‍යාලේ වැඩ සම්පූර්ණ කරලා කරන ටික මේ මිනිස්සු සල්ලි දීල ලේසියන් කරනවා " කියන එක.

ඕගොල්ලෝ මොකද මේ ගැන හිතන්නේ ?

ප. ලි. : හා හා මාත් දැම්ම ඔන්න ප.ලි. එකක් :D මම මේ මාතෘකාව ගැන යාලුවෙක් එක්ක පොඩ්ඩක් කතා කළා. එයා කියපු දෙයක් තමා රජයෙන් හම්බන්තොට වරායයි, හයි වේ එකයි, නොරොච්චෝලෙයි හදන, හදපු විදියටම මේකත් කලොත් මේ රජය යටතේ PMC වල තත්ත්වය ගැන රිලයබල් වෙන්න ටිකක් අමාරුයි නේද කියන එක. එක අතකින් බැලුවම එකත් හරි.මොන ක්‍රමයෙන් හරි හොඳ කොලිටි එකට PMC පවත්වාගෙන ගියොත් ඒවා ගැන මගේ නම් විරුද්ධත්වයක් නෑ.

Sunday, September 4, 2011

Purpura - ප'ප්‍යුරා

A beautiful flower I found on a land by a paddy field when we went to see the construction works of our house. It is a really beautiful flower with a very pleasing soft leafy fragrance. Same kind of smell comes when its leaves are crushed, but this time a bit stronger one. I remember this flower and it's sweet smell since I was very little. It is the same perfume I imagined that may have come from Athelas or Kingsfoil in Lord of The Rings. If anyone of you know the name of this plant I'd really like to know it!

This picture was taken by my little sister. The following ones were taken by me. 

When I came home the flowers were all withered, and I put them in the little empty coffee bottle I keep as a vase on my table. By morning they were all alive and standing strait and proud :-)

Thursday, September 1, 2011

Plans for future

Errr I thought maybe it was better to start studying with a blog post. But the internet connection seems to be like a tube light going on and off every 30 seconds. So I'm not sure whether this post will be saved or not so I'm going to save it as a document in the computer as a safety measure.

You might have noticed that I've started a few series of articles on some study matters earlier but was unable to finish them. Well basically I wrote them so I can remember them better for my exam. But I feel it's not right to start a series and stop it as soon as I finish the exam.

So I'd be writing the " History of Environment" , "Fishes" and "Protein Structure" series during the vacation which is 9th of September on wards.Well again its for a reason. I've only managed to get a D+ for Environment science which us a 3 credit course, so it's a repeat for me and I'll need to study it during next semester as well. Fishes series because I really like that lecture series. I mean it is the only lecture series from zoology that I enjoyed during the lecture taking notes. And protein structure is one of the most awesome things everyone comes across but you always wish that it would be cool to know something more. :-)

And the rest of the plans for vacation are;
1) Get my Benz out of the garage, finish the rest of the body.
2) Finish my final project of the animation course
3) Finish the Sopwith Pup fuselage and blast it off the sky :D
4) Practice for Nationals
5) Learn Driving
6) Go for swimming practices
7) Get my co ordinations in badminton back on track
8) Find a part time job so I have plenty of money to photocopy notes and papers next semester
9) Go on a TRIP!
10) Go out with friends and watch a film
11) Write some blog posts in Sinhala
12) Learn to rig
13) Learn to animate a rig
14) Learn to finish UVW mapping
15) Learn PHP, flash and Dream Viewer

errr I think I'd better stop the list there or I'm sure it'll go on and on. But I do really badly need a part time job for the next month, one that does not clash with my err rowing ,badminton and swimming practices. sigh! Hopefully I'll get most of the stuff on the list done.

Before that I've still got one more paper to finish!
So bye for now. Gotta get back to studies.

Thursday, August 25, 2011

A Sopwith pup and a rose

Some work I've done lately, but didn't get a chance to publish on blog.

Tutorial from :-

Made with 3Ds Max 2009

Drawn with Flame painter


Sunday, August 21, 2011


What are carbohydrates?

- Sugars/saccharides

- Contains mainly C H and O

- General formula (CH2O)n where n> or = 3

Biological role of carbohydrates

- Energy metabolism

- Biological structural material

- Molecular recognition among cells

- As water trapping molecules

Types of carbohydrates

- Monosaccharides

· Basic sub unit of all carbs

· Cannot be hydrolyzed to small units

· Produced from CO2 and H2O via photosynthesis

· General formula (CH2O)n

- Disaccharides

· Formed by condensation of 2 units of mono

· Joined by covalent GLYCOSIDIC bonds

· Sucrose,Maltose,Lactose

- Oligosaccharides

· Short chain carbs

· 3-12 units of monos

· Joined by glycosidic bonds

· Most are joined with PROTEINS

· Blood group antigens

- Polysaccharides

· Long chained carbs

· Large number of mono units

· Form macromolecules/biopolymers

· 2 types

(a) Homopolysaccharides – Composed of similar mono units

Eg:- Starch,Cellulose,Chitin,Glycogen

(b) Heteropolysaccharides – Composed of different sub units

Eg:- Glycoproteins

Classification of monosaccharides

- Number of C

· 3-triose-Glyceraldehyde

· 4-tetrose-Erythrose

· 5-pentose-Ribose,Arabiose,Xylose

· 6-hexose-Glucose,Fructose,Galactose

· 7-heptose-Sedoheptose

· 8-octose-monooctulose

· 9-nonose-nuraminic acid

- Active group

· Aldose – Sugars with aldehyde group – Glyceraldehyde,Ribose,Glucose,Galactose

· Ketose – Sugars with ketone group – Fructose,Ribulose

Structural characteristics of monosaccharides

1) formation of ring structure

- Occur in monos with 5 or more C

- Two possible configurations

· Open/strait chain structure

· The closed ring structure

Configurations are inter changeable in SOLUTIONS

- Under physiological conditions they exist in ring form because it is more stable

- Two types of ring structures are possible

· 6 membered ring – pyranoses

· 5 membered ring – furanoses

- This depends on the reaction of keto/aldehyde group with OH

- The distribution of the forms depends on;

· The structure of the sugar

· pH

· Temperature

· Solvent

Haworth projection is a common way of representing cyclic structure of monosaccharides with a simple 3d perspective.

The groups below the plane of the ring in Haworth projections are equivalent to those on the right-hand side of a Fischer projection.

- The pyranose forms of the sugars are more stable than the furanose forms in solution.

2.) Formation of steroisomers

Sterioisomers have same molecular formula but different spatial arrangement

- 2 possible sterioisomers

- Atoms are arranged such that they are mirror images of each other

- They are not superimposable

- Such are called ENANTIOMERS

- Molecules capable of exsisting in non super imposable mirror images are CHIRAL MOLECULES

- 2 types of enantiomers are found in biological systems

· D form

· L form

- Only one form is dominant

· L – amino acids

· D – sugars

- A C atom with 4 different groups bonded to it is a chiral/asymmetric carbon

- * The chiral C furthest from the carbonyl group determines the configuration L or D of the sugar*

- OH group on the left is L-glucose and on the right D-glucose

3.) Asymetric of carbon

- Ring formation has resulted in an asymmetric center at the first C atom

- Resulting in formation of 2 configurations

- Depending on the orientation of the OH group

· Alpha

· Beta

- These have different properties

- But they are not mirror images of each other

- They are called ANOMERS

- Carbon 1 is referred to as the ANOMERIC CARBON ATOM

-** Monosacs undergo interconversion between Alpha and Beta forms through the open chain linear form as an intermediate state

This is called MUTAROTATION **

Monday, August 15, 2011

තවත් නමක් නැති කෑමක් :D

මේක හදන්න එච්චර දේවල් ඕනේ නෑ.පාන් පිටි + මිරිස් කුඩු + ලුණු කුඩු + වතුර + පොල් තෙල්පාන් පිටි + මිරිස් කුඩු + ලුණු කුඩු ) ඒකට කලවම් කරලා ඒකට වතුර + කරන්න. පිටි ඔක්කොම යන්තම් එකට ඇලෙන ගානට ආවහම පොල් තෙල් ටිකක් දාල කලවම් කරන්න. පිඟානක පිටි මික්ස්චර් එක අතුරලා අච්චුවක් පාවිච්චි

කරලා පොඩි කෑලි වලට කපාගන්න ඕනේ. ගොඩක් තුනී වෙන තරමට හොඳයි, ඉක්මනට බැදෙනවා.
මං නම් තුනී කරන්න ගත්තේ අපේ ගෙදර තියෙන තුනපහ දාපු හෝර්ලික්ස් බෝතලයක්. මතක ඇතුව ඒක හොඳට හෝදලා, පිහල පාවිච්චි කරන්න. අච්චුව විදියට ගත්තේ හතරැස් බෝතල් මුඩියක්. දැන් කරන්න තියෙන්නේ පොල් තෙල් ටිකක් ( ටිකක් කිව්වට ගොඩක් ) තාච්චියට දාල රත් වෙන්න තියල ගැඹුරු තෙලේ බැද ගන්න එක. තෙල් සාමාන්‍යයෙන් ටිකක් වැඩියෙන් රත් වෙලා තියෙන කොට තමා හොඳට පිම්බිලා පේස්ට්‍රි වගේ එන්නේ.

යටින් තියෙන එක නම් හැදුවේ ඊටත් සිම්පල් විදියට. තක්කාලි ගෙඩියක් පොඩියට කපල ලිපේ සාස්පානක ලිපේ තියන්න . ඒකට සෝස් ටිකකුයි, චිලි පේස්ට් හැන්දකුයි දාල ටිකක් රත් උනාම වතුර කෝප්ප බාගයක් විතර දාල රත්වෙන්න තියන්න. අහ් ඊට අමතරව ගෙදර උයල තියෙන ඕනේ දෙයක් ඒකට දාන්න පුළුවන් :D මං කලේ උයල තිබ්බ මාළු කෑලි දෙකක් බැදලා පොඩි කරලා මික්ස් කල එක.

හදල බලල කාල රස කියන්නකෝ :P
අපේ ගෙදර නම් කර වෙච්ච ටික වත් ඉතුරු උනේ නෑ. :D

Tuesday, August 9, 2011

How Fish Breath

(2.) Gaseous exchange

Fish posses well developed gills for extraction of oxygen from the medium.
The surface of the gills are moist
They have a larger surface area to extract more oxygen
They are transparent for oxygen and thin so oxygen can penetrate easily.
A concentration gradient is maintained to extract oxygen throughout the circulatory system.
The respiratory surface is ventilated by having a continuous flow of water over the gill surface using the mouth as a pump.
In cartilage fish the gills open separately as gill slits while in bony fish the gills are covered by an operculum. The operculum functions as an additional pump to help the buccal pump.

Fishes - Life in Water

To become succesful in the aquatic environment there are few problems that need to be solved.

1.) Locomotion
2.) Gaseous exchange
3.) Sensory perception
4.) Osmoregulation and excretion
5.) Reproduction

Water, even though we consider it more friendly for living things, has its own problems if you plan to live in it.
Water has;
1.) More resistance than air.
2.) Less amount of Oxygen than that of air.
3.) Higher density than air.
4.) Do not let light to penetrate as easily as that of air. therefore a light source is needed to see.
eg : Bio luminescence in animals in deep water.
5.) Higher pressure in deeper waters. Therefore need a mechanism to withstand the high pressures.

(1.) Locomotion of fishes

For an object to move in water a propulsive force is needed to move forward. Resistance of the
medium creates a drag. Gravity works downwards. Buoyancy upwards.

If the object is shaped as image (1) and dragged as shown in the picture it is easy to move at start but will stop due to the low pressure region created behind it.

If it is to happen as image (2) it is hard to make it move at the start but once moved it will keep going.

Therefore the best solution for the efficient movement is a combined shape as shown in image (3)

Because of this for better locomotion fishes posses
1.) A stream-lined body.- A Fusiform shape

Fish are somewhat torpedo shaped, which makes it easier to glide through water. The body is compressed at the sides and tapers more at the tail than at the head.

2.) Lacks protrusions. Such as ears and protruded noses found in terrestrial animals.

3.) Have a smooth skin. More smooth the skin is lesser the resistance.

4.) Well developed muscles,to generate the force of propulsion.Body is moved to the sides but the forces created to sides cancel out and only the forward force remains. Thus the fish moves forward without moving to sides.
There are three types of basic forms according to the
amount of body used for generation of propulsion.

* Carangiform- the most common. Only the posterior part of the body flexes for the movement

* Ostraciiform - Fish move by "wagging" the tail.

* Anguillform - Most of the body moves

The way of locomotion depends on the size and the habitat of the fish.
Fins are basically used for balance and lift and sometimes for propulsion.

5.) Bony fishes have a swim bladder that can be used to control density of the body.When they pump air to the bladder using the blood stream . Density goes down. So the fish goes up.
To go down air is extracted back into the body. By adjusting the body density they are able to go at any level of density.

6.) Sharks and rays do not have a swim bladder so they have to swim continuously to avoid sinking. Cartilage makes body lighter than that of bony fishes. They also have Squalene a
neutral oily organic compound in their liver which also makes them lighter.

Friday, August 5, 2011

මකුළු දැල්, හිසකෙස් හා පිහාටු : ප්‍රෝටීන ද්විතියික ව්‍යුහය

ලොම් , හිසකෙස් ,පිහාටු , සත්ත්ව කුර වල ඇති කෙරටින් ප්‍රෝටීනයට ඇත්තේ ඇල්ෆා හෙලික්සිය ව්‍යුහයකි .ප්‍රෝටීන වල ද්විතියික ව්‍යුහය මගින් අනු ත්‍රිමාන අවකාශයෙහි පවතින ආකාරය පැහැදිලි නොකරයි. ද්විතියික ව්‍යුහයෙහි ප්‍රධාන ආකාර දෙකකි. එනම් ඇල්ෆා හෙලික්ස හා බිටා තැටි ආකාරයි.

Hydrogen bonds (yellow dots) stabilizing an alpha-helix
ඇල්ෆා හෙලික්සය සුරත් ( Right handed ) දඟරයකි. එහි R කාණ්ඩ පොලිපෙප්ටයිඩ් ආධාරකයෙන් ඉවතට දිශානති වී ඇති අතර ඒවා අතර හයිඩ්‍රජන් බන්ධන පවතියි. තන්තුමය ව්‍යුහයන් සාදන ප්‍රෝටීන වල සාමාන්‍යයෙන් ඇත්තේ ඇල්ෆා හෙලික්ස ව්‍යුහයයි.

මකුළු දැල් ව්‍යුහය
බීටා තැටි වල පෙප්ටයිඩ ප්‍රදේශ එකිනෙකට සමාන්තරව පිහිටා ඇත. එම නිසා හයිඩ්‍රජන් බන්ධන N - H හා C = O කාණ්ඩ අතර පවතියි.

බීටා තැටි ව්‍යුහය පවතින ප්‍රෝටීනයකට නිදසුනක් ලෙස මකුළු දැල් සෑදී ඇති ප්‍රෝටීනය දැක්විය හැක .

මිට අමතරව බීටා නැවුම් (Beta Turns ) හා ඔමෙගා ලූපස් ( Omega Loops ) යන ව්‍යුහමය ආකාර දෙක ද පවතියි.

තවදුරටත් කියවන්න :

Monday, August 1, 2011

ප්‍රෝටීන වල ව්‍යුහමය සංවිධානය : ප්‍රාථමික ව්‍යුහය

ප්‍රාථමික ව්‍යුහය :

විශ්ලේෂනාත්මක(analytically) හා සංස්ලේෂණාත්මක(synthetic) ක්‍රම වලින් සොයාගත හැක්කේ ප්‍රෝටීන වල මෙම ප්‍රාථමික ව්‍යුහය හෙවත් පෙප්ටයිඩ දාමයක ඇමයිනෝ අම්ල අනු පිළිවෙලයි. මෙම ක්‍රම මගින් ප්‍රෝටීනයෙහි ත්‍රිමාන ව්‍යුහයෙහි සංන්‍යාසය(conformation : එනම් එය අවකාශයේ පිහිටා ඇති ආකාරය) සොයාගත නොහැක.ප්‍රාථමික ව්‍යුහයෙහි ඇති පෙප්ටයිඩ් ආධාරකයෙහි / දාමයෙහි (peptide backbone ) පරමාණු ඇත්තේ N - C - C - N - C - C යන පුනරාවර්තනය වන (repeating ) ඒකක ලෙසය.

  • Molecular Biology of the Cell, 5th Edition

Wednesday, July 20, 2011

Hydrohalogenation - Electrophilic Addition of HX

During this reaction,

  • 2 bonds are broken, pi bond and H-X bond
  • 2 bonds are formed, C-X and C-H
  • In H-X and H has a small positive charge X is negatively charged.
  • H is attracted to electron rich double bond.
  • Therefore Electrophilic addition occurs.
  • Addition reactions are exothermic.
  • 2 sigma bonds formed are stronger than the the sigma and pi bond broken.

consists of 2 successive Lewis acid-base reactions. ( 2 step mechanism)
[1] Alkene is the Lewis base. H-X is the Lewis acid.
     The Activation energy is higher than that of [2].
     Therefore [1] is slower than [2].
     2 Bonds break only one is formed.
     Therefore ΔH01 is (+)
     Results with the formation of a carbocation. 
     Rate determining step.
[2] X- is the Lewis base. Carbocation is the Lewis acid.
     The Activation energy is lower than that of [1].
     Therefore [2] is faster than [1].
     Only bond making occurs,one bond is formed.
     Therefore ΔH01 is (-)
  • Markovnikov's Rule  - With an unsymmetric alkene H atom bonds to the less substituted carbon.
  • Hammond postulate  - Structure of the transition state of an endothermic reaction resembles the products while that of an exothermic reaction resembles reactants.

Stereo Chemistry
A new stereogenic center is formed. New enantiomers are formed in equal amounts making a racemic mixture.This is due to the fact that the nucleophilic attack of the X- occurs from either side of the trigonal planar carbocation and have equal probability. 
Therefore syn and anti addition can occur.  

Extra reading


In alkenes ,
  • the pi bond is weaker than the sigma bond.
  • trans alkenes are generally more stable than cis alkene.
  • stability in creases as the number of R groups connected to the double bond increases.
Have Van der Waals interactions.
Therefore melting point(mp) s and boiling point(bp)s are low.
Mp and bp increases as the number of C atoms increases. This is due to the increasing surface area.
C-C bond between an alkyl bond and one of the double bond carbons is slightly polar because sp3 hybridized carbon donates electron density to the sp2 hybridized carbon.

Characteristic reaction of Alkenes is Addition.
Pi bond is broken and two sigma bonds are formed.
Because alkenes are electron rich they react with Electrophiles.
Simple alkenes do not react with nucleophiles or electron rich reagents.
Because the C atoms of the double bond are trigonal planar addition can occur from either from the same side(syn) or both sides(anti).

Important Addition reactions of Alkenes
  1. Hydrohalogenation
  2. Hydration
  3. Halogenation
  4. Halohydrin formation
  5. Hydrocarbonation ( Oxidation)

Thursday, July 7, 2011

Nucleophiles and Bases

Similarities and Differences

Nucleophiles and bases are structurally similar. They both have either a lone pair or a pi bond. They differ from what they attack. bases attack protons while
nucleophiles attack other electron deficient atoms,
usually carbons.
Basicity is a measure of how readily an atom donates its electron pair to a proton.
It is characterized by an equilibrium constant in acid-base reactions
thus a thermodynamic property.
Nucleophilicity is a measure of how readily an atom donates its electron pair to another atom,
characterized by the rate constant
thus a kinetic property.

Nucleophilicity// basicity in 3 instances

1.) From two nucleophiles with same nucleophilic atom, the stronger base is the stronger nucleophile
eg :- OH- is stronger nucleophile than CH3COO- because H2O is more basic than CH3COOH ( pKa H2O > pKa CH3COOH )
2.) Negatively charged nucleophiles are stronger than its conjugated acid
eg :- OH- is a stronger nucleophile than H2O
3) In a row of the periodic table nucleophilicity and basicity increases from right to left.

Steric Hindrance

But when steric hindrance is involved nucleophilicity does not // basicity. More the steric hindrance is lesser the nucleophilicity is. eg :- (CH3)3O- has more steric hindrance than CH3Ch2O-.Out of both stronger base is (CH3)3O- while stronger nucleophile is CH3Ch2O-. This is because while a proton can move near the stericaly hindered (CH3)3O- the CH3 groups repel other larger atoms and groups.

Polar Protic Solvents
In polar protic solvents anions form strong inter molecular hydrogen bonds. Smaller nucleophiles are strongly solvated because smaller the nucleophile more concentrated the charge is.Therefore smaller nucleophiles are weaker nucleophilesin protic solvents such as water and ROH.
RS- is stronger nucleophile than RO-

Polar Aprotic Solvents

In polar aprotic solvents such as acetone,acetonitrile,... the anions form dipole - dipole inter molecular interactions and are incapable of forming hydrogen interactions. Cations form ion - dipole interactions. Because dipole -dipole interactions are not as strong as hydrogen interactions the anions are not very well solveted.. Therefore the anions in polar aprotic solvents are highly reactive as both nucleophiles and bases. Thus smaller the size of the atom stronger the nucleophilicity.

Common Nucleophiles
Negatively Charged
O : OH- ,OR-,CH3COO-
N : H3-
C : CN- , CHC-
X- : Cl-, Br-, I-
S : HS- , RS-

O : H2O ,ROH
N : NH3 ,RNH2
S : H2S ,RSH