Sunday, January 30, 2011

Life and Water_2




The hydrogen inter molecular bond in water is 1.8 A0 long. This is lower than expected value of 2.6 A0, which is the total value of van der Waals radius of H and O The lower value is due to the fact that hydrogen atom is so small and in spite of the repulsion forces it can get much nearer to the core of the oxygen atom of another water molecule. The cohesive nature of water is due to these inter molecular Hydrogen Bonds in water.

Another characteristic that water has is that it has higher melting point, boiling point and heat of vaporization than most of the other organic compounds. At each these points a phase change takes place and at each phase change (solid-> liquid, liquid ->gas) some of the Hydrogen bonds are broken. For this energy is needed. But the energy of Hydrogen bond is only 20 kJ/mol while the O-H covalent bond is 460 kJ/mol. The hydrogen bond energy is so little so the question rises, how come the boiling point, melting point and heat of vaporization so high?

Even though the energy of the Hydrogen bond is very low there are many hydrogen bonds in water. Theoretically each water molecule can form H bonds with as many as 4 neighboring water molecules. At any given moment in liquid water at room temperature each water molecule forms hydrogen bonds with an average of 3.4 other water molecules.

So to break more hydrogen bonds you need more energy.

Lifespan of each hydrogen bond is 1 x 10-19 s.Hydrogen bonds are constantly breaking and forming in a dynamic process, within a very short time.

Ice lattice has an open structure thus the volume is larger and as a result the density of ice is lesser than liquid water.

The ice having lower density than liquid water is really important for the existence of life.
Had ice been more dense than liquid water when temperature decreases in winter the water source would start to freeze from bottom to to top which would make it hard for animals to exist.And when it melts the ice at the bottom would be still frozen in the summer, due to the sun rays being unable to reach the bottom of the water source.This would result with a much cooler atmosphere.

But since ice has a lower density than liquid water it starts to freeze from top to bottom and even in winter some part of water source have liquid water at the bottom thus making it possible for aquatic life to exist.

සැබෑ මිනිසෙකුගේ කතාවක්


"ඇලෙක්සෙයි ; එයාට නැති උනේ එක කකුලයි නෙව. අනික එයා පැදෙව්වේ පාර්මන් වර්ගයේ අහස්යාත්රාවක්. ... එකත් අහස්යාත්රාවක්ද? ...

කොමිසාර් : නමුත් තමුසේ සොවියෙට් පුරවැසියෙක් , රුසියන් කාරයෙක් "
ම විසින් කියවා ඇති පොත් අතරින් සදා සිත් බැඳගත් කතාපොත තමයි "බොරිස් පලෙවොයි" විසින් රචිත "සැබෑ මිනිසෙකුගේ කතාවක් " පොත. රුසියානු පොතක් වන මෙය සිංහලට පරිවර්තනය කරලා තියෙන්නේ "දැදිගම වී රුද්‍රිගු" විසින්. පොත ලියැවී ඇත්තේ " ඇලෙක්සෙයි මරේස්යෙව්" කියන සැබෑ පුද්ගලයාගේ ජිවන කතාව මූලික කරගෙන. කතා පොතෙහි මොහුගේ නම මදක් වෙනස් කොට "ඇලෙක්සෙයි මෙරෙස්යෙව්" ලෙස භාවිතා වෙයි. ඇලෙක්සෙයි සෝවියට් අහස් නැවියෙක්, නිකන්ම අහස් නැවියෙක් නෙවෙයි බිගල්ස් වගේම සටන් අහස් නැවියෙක්. අහස් සටනකදී අහස්යානය කඩා වැටී සිදුවන අනතුරෙන් පස්සේ ඇලෙක්සෙයි ගේ කකුල් දෙකම ඔහුට අහිමි වෙනවා. නමුත් අවසානයේ සියලු දුක් කම්කටොලු මැද දෙවන ලෝක යුද්ධය අවසාන වීමට පෙර ඇලෙක්සෙයි නැවතත් අහස්යානා පදවනවා. අහස්යාන පදවනවා පමණක් නෙමෙයි ගුවන් සටන් කීපයකින්ම ජය ලබා ගන්නවා.

කතා පොතේ ඉන්න ඇලෙක්සෙයි ට හය්යියක් වෙන ප්‍රධානම චරිතය තමා "කොමිසාර්" . තමාගේ කකුල් දෙකම අහිමි වීමෙන් දුකින් ඉන්න , නැවත සටන් අහස්යානා පදවන්න බැරි බව දන්නා, ජිවිතයම එපා වී සිටින ඇලෙක්සෙයි ට ධෛර්යය ඇත්නම් නොකළ හැකි දෙයක් නැති බව පසක් කර දෙන්නේ කොමිසාර්.
ඇලෙක්සෙයි ගේ ජිවිතයේ එයා පසු පස ඉන්න අනෙක් චරිතය තමා ඔල්ගා , ඇලෙක්සෙයි ගේ පෙම්වතිය. ඇලෙක්සෙයි රෝහල් ගත වුනාම ඔල්ගාට කියන්නේ තමන් අලුත් ගුවන් යානා වගයක් අත්හදා බැලීම් කරනවා කියල. ඇලෙක්සෙයි මෙන්ම තවත් යුධ පෙරමුණක ක්‍රියාන්විතයේ ඉන්නා ඔල්ගා ඇලෙක්සෙයි රෝහල්ගත වෙලා බව දන්නවා. නමුත් කිසි වෙලාවක ඇලෙක්සෙයිගෙන් ඒ බව අහන්නේ නෑ. තමන් දන්න බව හෙළි කරන්නෙත් නෑ.

මේ පොතත් අනෙක් බොහොමයක් පොත් වගේ මන් කියෙව්වේ මහජන පුස්තකාලෙන් අරන්. මුලින්ම ගත්තේ පාසල් පුස්තකාලෙන්. ඒ කියන්නේ මන් ළඟ පොතේ පිටපතක් නෑ. පොත මුද්‍රණය කරලා තියෙන කොළ වල තත්වය එච්චර හොඳ නැති උනාට මේ පොත නම් මිලට ගත්තයි කියලා පාඩුවක් නෑ.මන් කියවල තියෙන මිල කල නොහැකි කතාපොත් වලින් එකක් තමා "සැබෑ මිනිසෙකුගේ කතාවක් ".


"ඇලෙක්සෙයි : ඔව් අහස්යානා පදවනවාමයි..."



ලියල තියෙන උපුටා ගැනීමේ දෝෂයක් තියෙනවනම් සමාවෙන්න ඕනේ.

මතකෙන් ලිව්වේ, මතකය ටිකක් විතර අවුල්.

Life and Water_1

Some say the world will end in fire,
Some say in ice.
From what I’ve tasted of desire
I hold with those who favor fire.
But if it had to perish twice,
I think I know enough of hate
To say that for destruction ice
Is also great,
And would suffice.
-Robert Frost-

Life evolved in the sea. Earlier life forms were so fragile they could not withstand the harsh terrestrial environment.As life evolved gradually they were able to dominate land too. But we brought a little bit of the 'sea' with us. That is the extra cellular and intra cellular fluids. Both these consists of 70% of water. Most of the reactions that are important for life take place in this water medium.

Water molecule has sp3 hybridization.
The two sp3 half filled orbitals overlap with 1s orbitals of two hydrogen atoms and form the molecule of water. The O-H bonds have an angle of 104.50. Even though usually sp3 hybridization gives a tetrahedral shape, since there are only two bonds, water molecule has a bent shape.

Hydrogen and Oxygen atoms have different electro negativity values. Due to this difference the electron cloud in the O-H bond goes more towards oxygen atom and it becomes more negatively charged than the H atom.It has a 33% of ionic character. Thus creating a dipole moment in the O-H bond.The dipole moment is 1.83 D(debye).

Due to the bent structure and the polarity of the O-H bonds overall water molecule is polar. ( Consider ; had water been a linear molecule the dipole moments would have been cancelled to each other and it would not be a polar molecule)

Water has got extraordinary cohesive ability. The electro static attraction between the two poles of water molecules tend to orient in such a way so that the O-H bond of one molecule points towards the lone pair cloud of the oxygen atom on another water molecule.

This causes a directional inter-molecule association which results in H bonds. In general a hydrogen bond may be D-H---A where D-H is a weakly acidic donor group such as N-H or O-H and A, atoms such as Nitrogen or Oxygen which bears lone pairs, thus weakly basic acceptor.

Friday, January 28, 2011

Mercedes - Benz 450 SL - WIP

Re-created the wind shield and corrected some vertices i the front.
Slow progress :(



Wednesday, January 26, 2011

Chromosome Abberations

Please consider this is a note from a lecture and can have errors in spellings and where I fell asleep
Therefore anything wrong below is not to do with the lecturer but due to my laziness and neglect

Changes in the DNA at chromosome level are Chromosome aberrations / Chromosome mutations.
Changes at gene level are point mutations/gene mutations.
Chromosome mutations also get transmitted to offspring according to Mendal's laws. Chromosome aberrations include;
-Changes in the chromosome number
-Changes in the chromosome structure

Chromosome number variations
- Any departure from the normal chromosome number is called heteroploidy.
Two types

1) Aneuploidy

-An organism has gained or lost one or more chromosomes but not a complete set.
2n plus/minus chromosomes
Common conditions
2n-1 Monosomic
2n+1 trisomic
2n-2 nullisomic
2n+2 tetrasomic

2) Euploidy

-Organism in which complete haploid sets of chromosomes are found
deploid ->2n  , Normal state
poliploid -> more than 2n
  -triploid , 3n
  -tetraploid, 4n

Aneuploid in humans - Observed from karyotypes
Micrograph of chromosomes>>> Photograph it>>>Arrange and analyse to identify

Sex chromosome Aberrations

1) Klinefelter Syndrome (47) XXY - Trisomic ; complex - (48) XXXY, XXYY

2) Turner Syndrome (45) X - Trisomic

3) XXX Syndrome (47) XXX - Trisomic

4) XYY Condition (47) - Trisomy

Chromosome number aberrations - Human autosome
Downs Syndrome (47) - Trisomy,21
 Usually due to none-disjunction of the 21st chromosome pair during meiosis.

Trisomy has 3 doses of a given chromosome. The three chromosomes may form a trivalant association during meiosis. Association is not present over the entire length, because of this it upsets the meiosis balance.

Polyploidy

Common in plants and rare in animals.
1) Autopolyploidy - Extra chromosome sets are identical to the normal haploid set of the species
2) Allopolyploidy - Additional chromosome sets originates from different species

Origin of Autopoliploidy

In nature unreduced gametes may form if paired chromosomes fail to separate during meiosis. Both sets of chromosomes get incorporated in the restitution nucleus.
Autopoliploid plants are larger than their deploid relatives.
Shows a reduction its fertility.
Commercially important autopoliploids : Banana, Melon, Strawberry

Origin of Allopoliploidy

Results from hybridization between two closely related species.
Sterile due to absence of homology between chromosomes of the two species.

Gene Maps

Geneticist make 3 types of maps

Linkage map
Physical map
Sequence map

All three locate loci along molecules of DNA ( Chromosomes)
Although they map the same information they reveal different levels of detail and use different units of measure.

Linkage maps
Maps constructed from recombination data and distance measured in Centi Morgan. Distances are not accurate, they are relative.

Physical Maps
Molecular counterpart of linkage maps and distance measured is actual number of base pairs that separate 2 genes.

Sequence Maps
Shows the order of nucleotides in a piece of DNA. Sequence information isderived from genome sequencing projects.

Tuesday, January 25, 2011

Meiosis _ Prophase ends

Meiosis I
Meiosis II

Meiosis I

1) Prophase I


    a)Leptotene
    b)Zygotene
    c)Pachytene
    d)Diplotene
    e)Diakinesis


    a)Leptotene - Chromosomes are stretched and thread-like
    b)Zygotene - Chromosomes become shorter and thicker. Homologous chromosomes pair up.

Synapsis 
Pairing of two homologous chromosomes in meiosis.Gene to gene pairing occur.Pairing is accompanied by the appearance of Synaptonemal Complex (SC) which is an ultra structural cell component. Tripartite ribbon like structure associated with each paired homologue. Help homologous chromosomes to correctly pair up.

    c)Pachytene - chromosomes become thicker and more clear.Two  chromatids are visible.  
According to chromosomes - bivalent chromosomes
According to chromatids - tetrad chromatids 
Crossing over occurs

Crossing over
Exchange of genetic material between two homologous chromosomes. Possible due to synapsis.

    d)Diplotene - Paired chromosomes starts to repel each other. bivalents are still held together fro points of exchange. Repulsion more visible near centromere.
     e)Diakinesis - Chromosomes show the maximum amount of coiling. The most favorable stage to count chromosomes. Since bi-valents are counted the haploid number is obtained.

First meiotic prophase ends with the diaapearance of the nucleoli and nuclear membrane.

Monday, January 24, 2011

හඳුනා නොගත් පියාසර යාත්‍රාව


හෙහේ 
කොහොම හරි හාර්ඩ් එකේ තිබිල ඒකත් හොයාගත්තා. :D :D
Day light system එකකුයි ටාර්ගට් ලයිට් එකකුයි lighting වලට පාවිච්චි කළා.
සැමදා සේ Mental ray ඩිෆෝල්ට්  Rendering තමා  :-/

Sunday, January 23, 2011

සටන් අහස් යාත්‍රා

අනේ මට නම් දැන් ඇති වගේ පාඩම් කරලා.
තව මොනාද මන්ද පාඩම් කරන්න තියෙනවා .
තාම කියවලාවත් නෑ . එත් ඉතින් මන් වගේ කුඩා මොළධාරියෙක්ට ටිකක් පාඩම් කලාම ඉක්මනට මොලේ සංතෘප්ත වෙනවා. පොඩි රෙස්ට් එකක් ගන්නත් එක්ක බ්ලොග් පොස්ට් එකක් ලියන්න හිතුව. ඩ්‍රෆ්ට් එකේ ලියන්න පටන් ගත්ත බ්ලොග් පොස්ට් 3 ක් ද කොහෙද තියෙනවා. ඔක්කොම තියරි. මං ප්ලාන්ට් සයන්ස් තියරි බ්ලොග් එකේ ලියන්නේ කාව වත් බය කරන්න නෙමේ. එකම දේ හාෆ් ශීට් වල හතර පස් සැරයක් ලියල කොළ නාස්ති කරනවට වඩා හොඳයි නේ බ්ලොග් පොස්ට් එකක් දාන එක. කාට හරි කියවන්නත් පුළුවන් එතකොට.

බ්ලොග් පොස්ට් එකක් ලියන්න මාතෘකාවක් නම් තාම ඔලුවට ආවේ නෑ. ඒවුනාට මගේ ෆෙවරිට් ටොපික් එකක් වෙන ප්ලේන් ගැන ලියන්න පටන් ගන්නම් කෝ. ප්ලේන් කිව්වේ අර තටු දෙකක් තියෙන ,එන්ජිමක් ඇති / නැති , ආසන්න වශයෙන් කුරුල්ලෙකුගේ හැඩය තියෙන අහස් යාත්‍රා වලට. කලින් කිව්වා වගේ මට ප්ලේන් පිස්සුව හැදුනේ කැප්ටන් ඩබ්ලියු ඊ ජෝන්ස් ගේ බිගල්ස් පොත් කියවල. මං ඔය කතා පොත් සීරිස් එක කියවන්න ගත්තේ ඒක පරිවර්තනය කරන්න ගොඩාක් කලින්. ඒ කාලේ මහජන පුස්තකාලේ ළමා අංශයේ ඒක කොනක ඉඳන් අනික් කොනටම කබඩ් අවුස්සලා , ඒවගේ මකුළු දැල් කඩලා , දූවිලි පිහදාල කොහොම හරි බිගල්ස් පොත් හොයාගන්නවා. දැන් නම් එහෙම කරන්න ඕනේ නෑ. ළමා අංශයේ රාක්කෙක වෙනම තට්ටුවක් තියෙනවා ඩබ්ලිවු ඊ ජෝන්ස් ගේ පොත් වලට. ඉතින් මේ පොතක් හොයා ගත්ත වගේ නෙමේ කියවන්න ගියාම තියෙන අමාරුව. ඇයි ඉතින් ඉංග්‍රීසි පොත් නේ. සති දෙකක් තියාගන්න දෙන නිසා හොඳයි. එහෙම කියවල ඉවර කරන්න බැරි උනොත් තව සති දෙකකට රිනිව් කරගන්නවා.

ඉතින් මේ පොත් වල තියෙන හොඳම අංගය තමා ගොඩක් තේරෙන්නේ නැති ටෙක්නිකල් ටර්ම්ස් , ප්ලේන් වල විස්තර , වගේ දේවල් පල්ලෙහා තියෙන වෙනම තීරුවක ලියල තියෙන එක. පලවෙනි ලෝක යුද්දේ දී පාවිච්චි කල සටන් අහස් යාත්‍රා ගැන තමා වැඩියෙන් තිබ්බේ. කතාවේ වීරයා මේජර් ජේම්ස් බිගල්ස්වර්ත්( බිගල්ස්) සටන් අහස් නැවියෙක්. මට මතක විදියට ඔය පොත් වල තිබ්බ අහස් යාත්‍රා කීපයක් තමා,

සොප්විත් කම්හලේ හදපු කැමල් අහස් යාත්‍රාව, ඩොල්ෆින් අහස්යාත්රාව, ස්කවුට් අහස්යාත්රාව
තව රෝයල් එයාක්‍රාෆ්ට් ෆැක්ටරියේ හදපු S.E. 5 යාත්‍රා. මීට අමතරව ජර්මනිය පැත්තෙන් ගත්තොත් ෆොකර් කම්හලේ හදපු තටු 1 / 2 / 3 තිබ්බ යාත්‍රා. මේවා ඔක්කොම සටන් අහස් යාත්‍රා. බ්‍රිතාන්‍ය අහස් යාත්‍රා වලට හයි කරලා තිබ්බේ Vicker තුවක්කු, ජර්මන් ඒවගේ තිබ්බේ Spandau කියන මැෂින් තුවක්කු.
ට්‍රේසර් උණ්ඩ වල පොස්පරස් තියෙනවා කියලත් තිබ්බ.

ඔය පොත් ටික කියෙව්වයින් පස්සේ ප්ලේන් වලට ඇති වෙච්ච ආසාව නිසා මගේ කුණුගොඩවල් එකතුවේ තිබ්බ වයර් සහ කාඩ්බෝඩ් එකතු කරලා තටු දෙකේ ( ඒ කිව්වේ දැන් තියෙන ප්ලානේ වගේ මේවගේ එකිනෙකට සමාන්තර තටු දෙකක් තියෙනවා, පරණ කාලේ ප්ලේන් එහෙම තමා, රයිට් සහෝදරයන්ගේ ප්ලේන් එකෙත් තටු දෙකයි නේ.) ප්ලේන් එකක් හැදුව. ඊට පස්සේ විදුසර පත්තරේ ගිය ආටිකල් එකක් බලල ග්ලයිඩර් එකක් හැදුව. මගේ මුල්ම ටිකක් විතර දරුණු තත්වයේ ඉනෝගනික් මොඩෙල් එක විදියට හැදුවෙත් ප්ලේන් එකක්. කොහොමෙන් හරි ටියුට් එකක් පාවිච්චි කරලා එන්ජිමකුත් හැදුව. විභාගෙන් පස්සේ එන්ජිම වටේට ලී ගහල ( වර්චුවල් ) ප්ලේන් එක නිමා කරලා ත්‍රිමාන සජීවිකරණයට ලක් කරන්න බලාපොරොත්තු වෙනවා.

හප්පා! දැන් නම් මූඩ් එක හරි වගේ . ආපහු පාඩම් කරන්න යන්න ඕනේ.
සුබ දවසක් හැමෝටම :D

Tuesday, January 18, 2011

Membrane Proteins

Protein molecules are bound , dissolved,lodged in the lipid bilayer. Membrane proteins carryout almost all the functions of membranes.

  • Transport 
  • Sensors(Receptors)
  • Reactions(Scaffold Proteins)

Different proteins in the bio membrane carry out different functions.Membrane proteins also help to maintain the structural integrity.

According to how proteins associate with the lipid bilayer it is divided to two sections.
  1. Integral membrane proteins
  2. Peripheral membrane proteins

             1. Integral membrane proteins


Intrinsic membrane proteins
Integral membrane proteins are of two types

  • Protein molecules that are entirely or partly embedded or buried within the membrane.
The integral proteins that span across the lipid bilayer are called transmembrane proteins.
Transmembrane proteins are amphipathic
Contain at least one hydrophobic region that goes through the lipid bilayer.
This part is called the membrane spanning domain
Membrane spanning domain consists of alpha helix and beta barrels.
  • Protein molecules that are tightly bound to lipid molecules of the lipid bilayer

These are covalently linked with the hydrophobic tails of the lipid bilayer.
These do not enter or go through the lipid bilayer. They are non-transmembral.
Are attached only to one side of the membrane. Located entirely on the cytosolic side or entirely on the exoplasmic side.

Some integral proteins may have both hydrophobic interactions and covalent bonds with lipids.


             2. Peripheral membrane proteins

Extrinsic membrane proteins
Do not interact or form strong bonds with hydrophobic core of the bilayer.
Form Hydrogen/Ionic/other weak interactions with integral membrane proteins/heads of the lipid molecules of the bilayer.
Localized on cytosolic side or exoplasmic side of the plasma membrane.
These can be easily removed for analysis using;
high ionic streangth( high salt)
chemicals like EDTA that bind with Mg2+


Another way of classifying membrane proteins is;
  • Transmembrane proteins
  • Lipid Anchored proteins
  • Peripheral Proteins
Other Proteins that are closely associated with membranes

These are neither integral nor peripheral proteins.
From cytosolic side there are cytoskeleton proteins which are associated with peripheral proteins.
eg : Spectrin is a skytoskeleton protein in Red Blood Cells that give strength and flexibility to the cell.
From extracellular side these are proteins that are associated with peripheral proteins and form extracellular matrix in cell walls. These increase the elasticity. 

Biological Membranes

Since a cell is a limited space it needs an outer border. Biological membrane or bio membrane that surrounds the boundary of a cell is called cell membrane or plasma membrane. It creates a very ordered environment within the enclosed area to carry out functions.

Membrane Structure


When observed under Electron Microscope(EM) stained with Osmiun Tetroxide (OsO4) , a lipid stain, it appears as a rail road track, which is called the "Tri laminar appearance"
Since all cell membranes give this structure under EM , it gives evidence for universality of the structure of cell membranes.Any kind of bio membrane can be fused together.

General Structure 


Chemical components of bio membranes are Proteins and Lipids.

Lipids

Lipid molecules are arrayed as a continuous double layer which is maintained by hydrophobic and Van der Waals interactions.Functional properties of lipid bilayer are;

  1. Providing the basic structure.(provides structural integrity) Very strong and stable even when the environment changes.
  2. Acts as a barrier for water and water soluble molecules.
Lipids are organic molecules that contain C H and O. They are poorly soluble (virtually insoluble) in water but soluble in  non-polar organic solvents. They are water repelling/hydrophobic.Lipids are a group that is difficult to classify. The lipids in bio membranes are called membrane lipids.

Membrane lipids
Membrane lipids are heterogeneous and have a wide diversity. 

Lipid molecules on the cell membrane are Amphipathic. They have;

  1. Water loving/hydrophilic/polar region (head)
  2. Water hating/hydrophobic/non-polar region (tail) 
in the same molecule. This is due to the chemical composition/structure of lipid molecules in bio membranes. The head has a phosphate (PO4 3 -  group) which makes it polar and the tail has hydrocarbons which makes it non polar.

There are three main membrane lipid groups;

  1. Phospholipids/Phosphoglycerides
  2. Sphingolipids
  3. Cholesterol

The amount and type of lipids present in a membrane varies from membrane to membrane among cells and within a cell.

The most abundant lipid type is phospholipid.
The most abundant phospholipid is Phosphatidylcholine .

Phosphatidylcholine consists of 2 long fatty acid chains and two C=O groups linked to the two OH groups of the glycerol backbone and a phosphate group linked to the 3rd OH group. To the Phosphate group a choline molecule is linked.

Sphingolipids
Contains molecules called Sphingosine, an amino alcohol with a long hydrocarbon chain.
eg: Sphingomyelin
Sphingolipids are amphipathic and have a structure similar to Phosphatidylcholine.
Other  sphingolipids contain sphingosine, fatty acid chain and sugar(glycolipids)

Cholesterol
Lipid bilayer of many cell membranes contain cholesterol and other steroids.
Of steroids cholesterol is major molecule (in all eukaryotes ;not prokaryotes)
Cholesterol molecules are arranged in between phospholipid molecules.

Together all these lipids creates a hydrophobic region in the cell membrane which acts as a barrier to water.
The presence of different types of  lipids in different amounts in the bio membranes give them unique structural properties.

Glycolipids are when there are sugar group/groups linked to the lipid.When more than one sugar molecule is linked they are called oligosaccharides. These sugar molecules link to sphingosine most of the time. Therefore   Glycolipids are Sphingolipids most of the time. Since sugars are hydrophilic, have OH groups they are never found inside the lipid bilayer because it is very unstable that way.

The best examples for carbohydrates linked to membrane lipids are blood group antegens (A , B ,AB and O )

Cell and Life



Cell is the fundamental unit of life.
It took a lot of time for organisms to be multi cellular. This is because cells needed a way to communicate with each other and for a such mechanism to evolve it took time.
Life is a concept that is hard to define. However there are certain activities that can be used to define life.

Activities that define life;


  1. Adaptation
  2. Order and Organization
  3. Metabolism ( anabolism and catabolism)
  4. Responsiveness
  5. Reproduction
  6. Movement
  7. Heredity
  8. Evolution
  9. Growth and development
  10. Death


There are three linages of modern day organisms

  1. Bacteria
  2. Archae
  3. Eukaryotes


The former two linages comes under Prokaryots who lack a defined nucleus. Prokaryotes have a simple cellular organization.
Eukaryotes have a membrane bound nucleus which contains most of the cellular DNA. They have specialized organelles and a complete cytoskeleton.

even though eukaryotes and prokaryotes are different they share a number of structural and functional properties such as;

  • Structure of biomembranes
  • structure of DNA
  • The process of DNA replication
  • The process of Protein synthesis
  • Production of ATP


Stem cells
Found in multicellular organisms. Able to renew themselves from mitotic division and differentiate into a diverse range of specialized cells.
Two broad types of mammalian stem cells are;

  1. Embryonic stem cells (Isolated from the inner cell mass of Blastocysts, 5 days after Morula)
  2. Adult stem cells (found in adult tissues)

Plants also have stem cells in;

  1. Shoot tips
  2. Root tips

Monday, January 17, 2011

End of evolution and beginning of cell biology LOL

Finally! Phew the Bio geography, Bio systematics and Evolution paper is over ! One down 8 more to go
Here starts Cell Biology

Ladies and gentlemen, I'm going to divide cell biology to
  Cell and life
  Membrane structure
-lipids
-proteins
fluid mosaic model
  -mobility of proteins and lipids
membrane functions
transport across membranes
principles of membrane transport
and
finally
cell signalling

I am going to start with cell and life and finish up to functions by midnight(hopefully).
(Of course for me midnight may come about 3 or 4 hours past 12 O clock)

Here goes! EVERYONE TAKE COVER!!! 
ATTACK!!!!!!!!!!!

Sunday, January 16, 2011

Before I forget_4 H-W , Gene flow and Genetic drift

Conditions of Hardy Weinberg equilibrium
- Mutation
- Gene Flow
- Genetic Drift
- Natural Selection

Gene Flow
Exchange of genes between populations of the same species which will result in mixing of genes and change of gene frequencies in both populations.
Acts against speciation.
Gene flow is the mechanism that maintains species
Speciation is the origin of new species

Genetic Drift
Random change in gene frequencies within population
Seen in small sized populations

Results of Genetic Drift
Tends to reduce genetic variability within a population, in extreme cases all the members of the population may become identical
Important in conservation biology
Because animals are conserved in zoos as ex situ conservation because their population in the natural environment is low.

Before I forget_3 _ DArwin's Principle of Evolution through Natural Selection

Hypothesis 1
Organisms produce more offsprings than that is needed. But not all survive until reproductive age. Most of them dies. And only some survives

Hypothesis 2
The number of individuals in each species remains approximately  constant over time

Conclusion1
When the above two hypothesis are operational
Not all individuals survive
There is a struggle for existence.

Thus differential survival


Hypothesis 3
Individuals of a species are not all alike
They vary in form and behavior
Some characteristics of individuals are heritable

Hypothesis 4
Some varieties of heritable characteristics (which are called traits ) are more adaptive than others.

Conclusion2

When the Hypothesis 3 and 4 are operational
Some kinds of individuals are more successful than the others. They have a greater chance of reproducing

Thus Differential Reproduction

These individuals with adaptive traits produce a greater proportion of the individuals in the new generation.
Those traits increase in frequency from generation to generation.

Saturday, January 15, 2011

Before I forget_2

Mass extinction events

Disappearance of a large number of species in a small period of time
There are 5 major mass extinctions and several minor ones.
Mass extinctions interrupt the increase in species diversity over time.

1) P - T event / Permian Triassic Event

IS the largest mass extinction event
95% of the species and 50% of the families became extinct
Happened at the end of the Permian period of the Paleozoic Era 250 million years ago.
From the land amphibians , reptiles and ferns and gymnosperms 
From sea Trilobites , rugose and tubulate corals and brachiopods

Two reasons are given to explain this mass extinction

1) Climate Change

This is a slow process
Change of position of landmasses caused this.
During early Permian the movement of super continents
During late Permian and early Triassic formation of large super continent Pangea 
Formation of Ural Mountains caused erosion of sedimentary layer to low lands which caused destruction to many land animals and plants

2) Extensive volcanic activities

Earth's movement caused this.
Large amounts of SO2 was released to the Earth's atmosphere , which is toxic to animals and plants
Volcanic activities caused dust and ashes to gather in the atmosphere which caused sudden shading and cooling.

Breakfast in the garage :D

breakfast

tst1

Friday, January 14, 2011

before I forget

Synapsid vertebrates originated at the end of the Paleozoic era and diversified during Carboniferous and early Permian periods. They were the top carnivores before the Diapsids. Synapsids flourished during mid Permian period of Paleozoic era to late Triassic period of Mesozoic era. The herbivores were large bodies and slow while the carnivores were small bodied and agile.By the end of Triassic period most died out and only small sized forms survived. This was during the Permian Triassic extinction event. It is said that the mammals today evolved from these surviving tetrapods.

Diapsid reptiles who became dominant and radiated during Jurassic and Cretaceous are of two main groups.
Dinosaurs and related groups - Archosauria
Marine reptiles and lizards - Lepidosauria




Tuesday, January 11, 2011

පොත්!

ඔන්න ඉතින් මට අයෙමත් හිතුන සිංහල බ්ලොග් පොස්ට් එකක් ලියන්න.
පාඩම් කරන්න ගොඩක් ඉතුරු වෙලා. ඒවුනාට කම්මැලියි. ඉතින් කම්මැලිකම යන්නත් එක්ක බ්ලොග් පොස්ට් එකක් ලියනවා.
ඊට පස්සේ වත් පාඩම් කරන්න හිතක් පහල වෙන්නේ නැතැයි.

ඊයේ මං මහජන පුස්තකාලෙන් ගත්ත පොතක්, නෙමේ පොත් දෙකක් ගැන ලියන්නයි හැදුවේ. ඒවුනාට දැනට මං ළඟ තියෙන්නේ ඉන් එකක් විතරයි. අනෙක අතුරුදන්. ගෙදර කවුරු හරි එක අරන් ගිහින් කියවන්න.

ඒ පොතේ (අතුරුදන් වෙච්ච එකේ ) නම " Catch Me a Colobus " ලියල තියෙන්නේ ජෙරල්ඩ් ඩරල් කියන ස්වභාව විද්‍යාඥය. "My Family and Other Animals" නැත්තං "අපේ නිවසයි අනෙක් සත්තුයි" ( පරිවර්තකගේ නම මට මතක නෑ, එත් ඉංග්‍රීසි පොතට වඩා ආස හිතෙන විදියට ලියල තියෙනවා ) කියන පොත කියවලත් ඇති. එකේ තියෙන්නේ ජෙරල්ඩ් ට පොඩි කාලේ ඉඳන්ම සත්තු වත්තක් හදන්න තිබ්බ ආශාව ගැනයි , පොඩි කාලේ ඉඳන් ගෙදරින් තිබ්බ විරුධ්ධතා මැද සත්තු එකතු කල විදිය ගැනයි, ඒ අතරේ සිද්ද වෙච්ච ඇබැද්දි ගැනයි. මේ පොතේ ඒ කිව්වේ "Catch Me a Colobus " පොතේ තියෙන්නේ ජෙරල්ඩ් ඩරල් තමන් හදපු සත්තු වත්ත පාලනය කරනකොට ඇතිවෙච්ච ප්‍රශ්න හා ඔහු ඒවා විසඳ ගන්න කල දේවල්. ජෙරල්ඩ් ඩරල්ට පොත් ලියද්දි ඔහුගේ සහෝදරයාගෙන් ඉතාම ලොකු අභාෂයක් ඇවිත් තියෙනවා. ජෙරල්ඩ් ගේ වැඩිමල් සහෝදරයා තමා සාහිත්‍යමය ගත්කතුවරයෙක් වන ලෝරන්ස් ඩරල්. අතිශයෝක්තිය උපරිමව පාවිච්චි කරලා, නොදන්නා වචන වලින් පුරවල තිබ්බත් ඕනෙම කෙනෙක්ට කියවන්න ආස හිතෙන විදියට ලියල තියෙන්නේ. ඉස්සර මට තිබ්බ කැප්ටන් ඩබ්ලිව්. ඊ. ජෝන්ස් ගේ බිගල්ස් පිස්සුව වගේ මේ කාලේ තියෙන්නේ ජෙරල්ඩ් ඩරල් පිස්සුව. ඒක නිසා ජෙරල්ඩ් ඩරල් ගැන තියෙන, ජෙරල්ඩ් ඩරල් ලියල තියෙන අහුවෙන ඔක්කොම පොත් , ලිපි පිස්සුවෙන් වගේ කියවනවා. හැබැයි සත්ව විද්‍යාව, ජීව විද්‍යාව, පරිසර විද්‍යාව , conservation biology හදාරන ඕනෙම කෙනෙක්ට අමතර දැනුම ගොඩක් මේ පොත් වලින් ලබා ගන්න පුළුවන්.

මං පුස්තකාලෙන් ගත්ත අනෙක් පොත තමා "David Macaulay" ලියල තියෙන "The Way Things Work". මේ පොතේ වැඩි හරියක් තියෙන්නේ පින්තූර. දැක්කම හිතෙන්නේ පොඩි ළමයින්ගේ පොතක් කියල. එක එක සරල උපකරණ වැඩ කරන විදිය ගැන සරල අදහසක් ගන්න කැමති කෙනෙක්ට නම් හොඳයි. හැබැයි ඉතින් හුඟක් විස්තර නෑ. එකේ තිබ්බ මට වැදගත් කියල හිතුන ලිපි දෙකක පින්තූර තමා මේ තියෙන්නේ.



දැන් නම් මූඩ් එක ෆික්ස් වගේ
:D
මං ගියා
සුබ දවසක් !

Saturday, January 1, 2011

Rejected works of last year


Rejected work from last year

The fist is the dragon design for the shirt ( not the one that was printed) of which no feed back came from those who ordered

The latter is from the Christmas card project which was altogether cancelled due to low funds. Designed it while I was having exams and all, so feel a bit sad about it..

But the best thing about this year is I got one of my edits printed in a shirt! My first ever!
And I met 3 of my old pals from pre-school! One I met for real, the other two only virtually via internet. Can you believe meeting your best friend from pre school after 15 years and becoming very good friends again!

And I met  some of the animator friends I met through FB for real! Thank you OST for organizing that seminar!
And yeah had an awesome inter combinations cricket match, the poster of which I designed! yay!!

Less wasting of time, more studies, and more animations next year!
:D

Hope you guys are doing as well as I am, or much better!
:D
Cheers!

Happy New Year!


Happy New Year!
May all your dreams come true!!