Thursday, August 25, 2011

A Sopwith pup and a rose

Some work I've done lately, but didn't get a chance to publish on blog.

Tutorial from :-

Made with 3Ds Max 2009

Drawn with Flame painter


Sunday, August 21, 2011


What are carbohydrates?

- Sugars/saccharides

- Contains mainly C H and O

- General formula (CH2O)n where n> or = 3

Biological role of carbohydrates

- Energy metabolism

- Biological structural material

- Molecular recognition among cells

- As water trapping molecules

Types of carbohydrates

- Monosaccharides

· Basic sub unit of all carbs

· Cannot be hydrolyzed to small units

· Produced from CO2 and H2O via photosynthesis

· General formula (CH2O)n

- Disaccharides

· Formed by condensation of 2 units of mono

· Joined by covalent GLYCOSIDIC bonds

· Sucrose,Maltose,Lactose

- Oligosaccharides

· Short chain carbs

· 3-12 units of monos

· Joined by glycosidic bonds

· Most are joined with PROTEINS

· Blood group antigens

- Polysaccharides

· Long chained carbs

· Large number of mono units

· Form macromolecules/biopolymers

· 2 types

(a) Homopolysaccharides – Composed of similar mono units

Eg:- Starch,Cellulose,Chitin,Glycogen

(b) Heteropolysaccharides – Composed of different sub units

Eg:- Glycoproteins

Classification of monosaccharides

- Number of C

· 3-triose-Glyceraldehyde

· 4-tetrose-Erythrose

· 5-pentose-Ribose,Arabiose,Xylose

· 6-hexose-Glucose,Fructose,Galactose

· 7-heptose-Sedoheptose

· 8-octose-monooctulose

· 9-nonose-nuraminic acid

- Active group

· Aldose – Sugars with aldehyde group – Glyceraldehyde,Ribose,Glucose,Galactose

· Ketose – Sugars with ketone group – Fructose,Ribulose

Structural characteristics of monosaccharides

1) formation of ring structure

- Occur in monos with 5 or more C

- Two possible configurations

· Open/strait chain structure

· The closed ring structure

Configurations are inter changeable in SOLUTIONS

- Under physiological conditions they exist in ring form because it is more stable

- Two types of ring structures are possible

· 6 membered ring – pyranoses

· 5 membered ring – furanoses

- This depends on the reaction of keto/aldehyde group with OH

- The distribution of the forms depends on;

· The structure of the sugar

· pH

· Temperature

· Solvent

Haworth projection is a common way of representing cyclic structure of monosaccharides with a simple 3d perspective.

The groups below the plane of the ring in Haworth projections are equivalent to those on the right-hand side of a Fischer projection.

- The pyranose forms of the sugars are more stable than the furanose forms in solution.

2.) Formation of steroisomers

Sterioisomers have same molecular formula but different spatial arrangement

- 2 possible sterioisomers

- Atoms are arranged such that they are mirror images of each other

- They are not superimposable

- Such are called ENANTIOMERS

- Molecules capable of exsisting in non super imposable mirror images are CHIRAL MOLECULES

- 2 types of enantiomers are found in biological systems

· D form

· L form

- Only one form is dominant

· L – amino acids

· D – sugars

- A C atom with 4 different groups bonded to it is a chiral/asymmetric carbon

- * The chiral C furthest from the carbonyl group determines the configuration L or D of the sugar*

- OH group on the left is L-glucose and on the right D-glucose

3.) Asymetric of carbon

- Ring formation has resulted in an asymmetric center at the first C atom

- Resulting in formation of 2 configurations

- Depending on the orientation of the OH group

· Alpha

· Beta

- These have different properties

- But they are not mirror images of each other

- They are called ANOMERS

- Carbon 1 is referred to as the ANOMERIC CARBON ATOM

-** Monosacs undergo interconversion between Alpha and Beta forms through the open chain linear form as an intermediate state

This is called MUTAROTATION **

Monday, August 15, 2011

තවත් නමක් නැති කෑමක් :D

මේක හදන්න එච්චර දේවල් ඕනේ නෑ.පාන් පිටි + මිරිස් කුඩු + ලුණු කුඩු + වතුර + පොල් තෙල්පාන් පිටි + මිරිස් කුඩු + ලුණු කුඩු ) ඒකට කලවම් කරලා ඒකට වතුර + කරන්න. පිටි ඔක්කොම යන්තම් එකට ඇලෙන ගානට ආවහම පොල් තෙල් ටිකක් දාල කලවම් කරන්න. පිඟානක පිටි මික්ස්චර් එක අතුරලා අච්චුවක් පාවිච්චි

කරලා පොඩි කෑලි වලට කපාගන්න ඕනේ. ගොඩක් තුනී වෙන තරමට හොඳයි, ඉක්මනට බැදෙනවා.
මං නම් තුනී කරන්න ගත්තේ අපේ ගෙදර තියෙන තුනපහ දාපු හෝර්ලික්ස් බෝතලයක්. මතක ඇතුව ඒක හොඳට හෝදලා, පිහල පාවිච්චි කරන්න. අච්චුව විදියට ගත්තේ හතරැස් බෝතල් මුඩියක්. දැන් කරන්න තියෙන්නේ පොල් තෙල් ටිකක් ( ටිකක් කිව්වට ගොඩක් ) තාච්චියට දාල රත් වෙන්න තියල ගැඹුරු තෙලේ බැද ගන්න එක. තෙල් සාමාන්‍යයෙන් ටිකක් වැඩියෙන් රත් වෙලා තියෙන කොට තමා හොඳට පිම්බිලා පේස්ට්‍රි වගේ එන්නේ.

යටින් තියෙන එක නම් හැදුවේ ඊටත් සිම්පල් විදියට. තක්කාලි ගෙඩියක් පොඩියට කපල ලිපේ සාස්පානක ලිපේ තියන්න . ඒකට සෝස් ටිකකුයි, චිලි පේස්ට් හැන්දකුයි දාල ටිකක් රත් උනාම වතුර කෝප්ප බාගයක් විතර දාල රත්වෙන්න තියන්න. අහ් ඊට අමතරව ගෙදර උයල තියෙන ඕනේ දෙයක් ඒකට දාන්න පුළුවන් :D මං කලේ උයල තිබ්බ මාළු කෑලි දෙකක් බැදලා පොඩි කරලා මික්ස් කල එක.

හදල බලල කාල රස කියන්නකෝ :P
අපේ ගෙදර නම් කර වෙච්ච ටික වත් ඉතුරු උනේ නෑ. :D

Tuesday, August 9, 2011

How Fish Breath

(2.) Gaseous exchange

Fish posses well developed gills for extraction of oxygen from the medium.
The surface of the gills are moist
They have a larger surface area to extract more oxygen
They are transparent for oxygen and thin so oxygen can penetrate easily.
A concentration gradient is maintained to extract oxygen throughout the circulatory system.
The respiratory surface is ventilated by having a continuous flow of water over the gill surface using the mouth as a pump.
In cartilage fish the gills open separately as gill slits while in bony fish the gills are covered by an operculum. The operculum functions as an additional pump to help the buccal pump.

Fishes - Life in Water

To become succesful in the aquatic environment there are few problems that need to be solved.

1.) Locomotion
2.) Gaseous exchange
3.) Sensory perception
4.) Osmoregulation and excretion
5.) Reproduction

Water, even though we consider it more friendly for living things, has its own problems if you plan to live in it.
Water has;
1.) More resistance than air.
2.) Less amount of Oxygen than that of air.
3.) Higher density than air.
4.) Do not let light to penetrate as easily as that of air. therefore a light source is needed to see.
eg : Bio luminescence in animals in deep water.
5.) Higher pressure in deeper waters. Therefore need a mechanism to withstand the high pressures.

(1.) Locomotion of fishes

For an object to move in water a propulsive force is needed to move forward. Resistance of the
medium creates a drag. Gravity works downwards. Buoyancy upwards.

If the object is shaped as image (1) and dragged as shown in the picture it is easy to move at start but will stop due to the low pressure region created behind it.

If it is to happen as image (2) it is hard to make it move at the start but once moved it will keep going.

Therefore the best solution for the efficient movement is a combined shape as shown in image (3)

Because of this for better locomotion fishes posses
1.) A stream-lined body.- A Fusiform shape

Fish are somewhat torpedo shaped, which makes it easier to glide through water. The body is compressed at the sides and tapers more at the tail than at the head.

2.) Lacks protrusions. Such as ears and protruded noses found in terrestrial animals.

3.) Have a smooth skin. More smooth the skin is lesser the resistance.

4.) Well developed muscles,to generate the force of propulsion.Body is moved to the sides but the forces created to sides cancel out and only the forward force remains. Thus the fish moves forward without moving to sides.
There are three types of basic forms according to the
amount of body used for generation of propulsion.

* Carangiform- the most common. Only the posterior part of the body flexes for the movement

* Ostraciiform - Fish move by "wagging" the tail.

* Anguillform - Most of the body moves

The way of locomotion depends on the size and the habitat of the fish.
Fins are basically used for balance and lift and sometimes for propulsion.

5.) Bony fishes have a swim bladder that can be used to control density of the body.When they pump air to the bladder using the blood stream . Density goes down. So the fish goes up.
To go down air is extracted back into the body. By adjusting the body density they are able to go at any level of density.

6.) Sharks and rays do not have a swim bladder so they have to swim continuously to avoid sinking. Cartilage makes body lighter than that of bony fishes. They also have Squalene a
neutral oily organic compound in their liver which also makes them lighter.

Friday, August 5, 2011

මකුළු දැල්, හිසකෙස් හා පිහාටු : ප්‍රෝටීන ද්විතියික ව්‍යුහය

ලොම් , හිසකෙස් ,පිහාටු , සත්ත්ව කුර වල ඇති කෙරටින් ප්‍රෝටීනයට ඇත්තේ ඇල්ෆා හෙලික්සිය ව්‍යුහයකි .ප්‍රෝටීන වල ද්විතියික ව්‍යුහය මගින් අනු ත්‍රිමාන අවකාශයෙහි පවතින ආකාරය පැහැදිලි නොකරයි. ද්විතියික ව්‍යුහයෙහි ප්‍රධාන ආකාර දෙකකි. එනම් ඇල්ෆා හෙලික්ස හා බිටා තැටි ආකාරයි.

Hydrogen bonds (yellow dots) stabilizing an alpha-helix
ඇල්ෆා හෙලික්සය සුරත් ( Right handed ) දඟරයකි. එහි R කාණ්ඩ පොලිපෙප්ටයිඩ් ආධාරකයෙන් ඉවතට දිශානති වී ඇති අතර ඒවා අතර හයිඩ්‍රජන් බන්ධන පවතියි. තන්තුමය ව්‍යුහයන් සාදන ප්‍රෝටීන වල සාමාන්‍යයෙන් ඇත්තේ ඇල්ෆා හෙලික්ස ව්‍යුහයයි.

මකුළු දැල් ව්‍යුහය
බීටා තැටි වල පෙප්ටයිඩ ප්‍රදේශ එකිනෙකට සමාන්තරව පිහිටා ඇත. එම නිසා හයිඩ්‍රජන් බන්ධන N - H හා C = O කාණ්ඩ අතර පවතියි.

බීටා තැටි ව්‍යුහය පවතින ප්‍රෝටීනයකට නිදසුනක් ලෙස මකුළු දැල් සෑදී ඇති ප්‍රෝටීනය දැක්විය හැක .

මිට අමතරව බීටා නැවුම් (Beta Turns ) හා ඔමෙගා ලූපස් ( Omega Loops ) යන ව්‍යුහමය ආකාර දෙක ද පවතියි.

තවදුරටත් කියවන්න :

Monday, August 1, 2011

ප්‍රෝටීන වල ව්‍යුහමය සංවිධානය : ප්‍රාථමික ව්‍යුහය

ප්‍රාථමික ව්‍යුහය :

විශ්ලේෂනාත්මක(analytically) හා සංස්ලේෂණාත්මක(synthetic) ක්‍රම වලින් සොයාගත හැක්කේ ප්‍රෝටීන වල මෙම ප්‍රාථමික ව්‍යුහය හෙවත් පෙප්ටයිඩ දාමයක ඇමයිනෝ අම්ල අනු පිළිවෙලයි. මෙම ක්‍රම මගින් ප්‍රෝටීනයෙහි ත්‍රිමාන ව්‍යුහයෙහි සංන්‍යාසය(conformation : එනම් එය අවකාශයේ පිහිටා ඇති ආකාරය) සොයාගත නොහැක.ප්‍රාථමික ව්‍යුහයෙහි ඇති පෙප්ටයිඩ් ආධාරකයෙහි / දාමයෙහි (peptide backbone ) පරමාණු ඇත්තේ N - C - C - N - C - C යන පුනරාවර්තනය වන (repeating ) ඒකක ලෙසය.

  • Molecular Biology of the Cell, 5th Edition